Por medio de sus relaciones externas, la CGR atiende, programa y fortalece sus relaciones con instancias como la Asamblea Legislativa, grupos organizados de la sociedad civil, organismos internacionales y otras entidades de fiscalización superior. En ese contexto, la cooperación interinstitucional es una herramienta de gran relevancia para el ejercicio de la fiscalización, de ahí que la CGR se da a la tarea de formalizar alianzas con instancias nacionales e internacionales para fortalecer el ejercicio fiscalizador y procurar la defensa del interés nacional.